上海交通大学医学院图书馆前身是 1952 年全国高等医学院校院系调整时,以原震旦医学院、圣约翰医学院和同德医学院的图书馆医学书刊为基础组建而成的原上海第二医科大学图书馆。
上海交通大学医学院图书馆现所用馆舍于 1987 年竣工,总建筑面积达 10199.50 ㎡ 。其中,阅览室 3215 ㎡ ,设有阅览座位 687 个,包括四个主要供信息共享的专题阅览室、一个电子阅览室和一个古籍阅览室。总藏书量约为 56.88 万册,拥有医学类电子文献数据库 35 个,医学及相关学科电子全文期刊 4000 余种,其中中文期刊约 1500 种。目前读者注册人数为 1.4 万余位。
上海交通大学医学院图书馆每年的图书流通量为 9 万余册,
上海交通大学医学院图书馆开放时间:为 96 小时 / 周。
上海交通大学医学院图书馆曾在国内**引进 Medline 、 Embase 、 Biosis Preview 、 OVID 、 Micromedex 、 Karger 、 Informa 、 Lab Protocol 、 Best Practice 等医学文献数据库系统,内容涉及医学临床、医学基础、药学及循证医学各领域。